أولاً: المياه المالحة
عن طريق بوغاز المعدية، شمال غرب البحيرة، وذلك في أوقات النوات فقط، ولمسافة حوالي 2كم، بسبب ارتفاع مستوى سطح المساحة بالبحيرة عن نظيره بالبحر المتوسط، نتيجة كميات مياه الصرف الزراعي والصحي التي تصب بالبحيرة.
ثانياً: المياه الشروب
يتم إمداد البحيرة بالمياه الشروب من خلال:
1/ مصرف إدكو الخيري: من الجهة الشرقية، ويعتبر مصدراً للصرف الزراعي والصحي، ويتفرع منه:
<!--مصرف كوم بلاج: وهو المغذى الرئيسي للبحيرة من الجهة الشمالية.
<!--باب زمزم: متفرع من مصرف إدكو الخيري من الجهة الشرقية للبحيرة.
2/ مصرف طرد برسيق : وهو المغذى الرئيسي للبحيرة من الجهة الجنوبية . والنسبة الغالبة لمياه هذا المصرف هي مياه صرف زراعي، مع نسبة منخفضة نسبياً من مياه الصرف الصحي.
ثالثاً: المياه العذبة
عن طريق مفيض الكانيوبية، المتفرع من ترعة المحمودية، ويصب في الجهة الغربية للبحيرة، وذلك في أوقات الطوارئ فقط، حيث يتم فتحه على البحيرة لتفادى غرق الأراضي الزراعية، وتأثيره على البحيرة يكاد لا يذكر.
