تقسم المزارع السمكية حسب نوعية المياه إلى:

1- مزارع مياه الصرف:

تستمد هذه المزارع مياهها من المصارف التي تصرف على بحيرات مثل المنزلة والبرلس وإدكو ومريوط، لذا تنتشر هذه المزارع بجانب بحيرات نهاية الري.

2- مزارع المياه العذبة:

تعد أفضل أنواع الاستزراع السمكي، حيث تتوافر الأسماك التي تصلح لهذا النوع من التربية، كما أنها تعطى نمواً أفضل .

3- مزارع المياه المالحة:

ينتشر هذا النوع من المزارع على ساحل البحر الأبيض المتوسط بين بحيرة المنزلة والبحر المتوسط وشمال بحيرة البرلس والساحل الشمالي بجوار دمياط، حيث يعتمد هذا النوع على مياه البحر، وبخاصة على سواحل البحر الأحمر والساحل الشمالي .

4- مزارع المياه الشروب:

والمياه الشروب هي خليط من المياه المالحة والعذبة، وينتشر هذا النوع من المزارع في المناطق الشمالية على جوانب بحيرات المنزلة والبرلس و إدكو ومريوط .

5- مزارع حقول الأرز:

هي نوع من المزارع الموسمية، يتم في حقول الأرز، حيث يسوق فائض الإنتاج بغرض تحقيق ربحية مناسبة للمزارعين.