يعتمد نجاح الاستزراع السمكي على عدد من العوامل المتداخلة ومن أهمها تلك التي تختص بالبيئة المائية ونوعية وجوَدة مياه الأحواض ومن أهم العوامل البيئية المؤثرة في عملية الاستزراع السمكي :
درجة حرارة المياه :
تعتبر الأسماك من ذوات الدم البارد أي أن درجة حرارة جسمها غير ثابتة بل تتغير تبعا لدرجة حرارة الوسط المائي الموجود فيه ومن ثم كان لدرجة حرارة المياه دورا فعالا في جميع الوظائف الفسيولوجيه للأسماك من نمو وتكاثر وتنفس وحركة ومقاومة الأمراض وغيرها .
الملوحة :
تتباين قدرة الأسماك على تحمل درجات الملوحة المختلفة تبعا لأنواعها ويمكن تقسيم الأسماك حسب درجة الملوحة المائية لنموها وتكاثرها إلى :
1. أسماك المياه العذبة .
2. أسماك المياه المالحة .
3. أسماك المياه القليلة الملوحة .
الإس الهيدروجينى PH :
يعبر الأس الهيدروجيني عن خواص الوسط المائي الحمضي أو القلوي .
كل نوع من الأسماك له حد أمثل من الإس (PH) الهيدروجينى وعامه فإن كـل أنـواع الأسماك تفضل الوسط المائي ذو الدرجات القلوية القليلة من 7.5 – 8 .
العسر الكلي للمياه :
يعبر عسر الماء عن تركيز أيونات الكالسيوم والماغنيسوم بالماء وفى المياه العذبة يكون العسر الكلى لها أقل من 200مليجرام / لتر كربونات الكالسيوم بينما في مياه البحر فقد يصل العسر الكلى لها إلى 6500 مليجرام/لتر .
كقاعدة عامه يجب ألا يقل درجة العسر في المياه العذبة الصالحة للاستزراع السمكي عن 12.5 مليجرام/لتر كربونات الكالسيوم .
الأكسجين الذائب :
يعتبر الأكسجين الذائب أكثر عامل بيئي له أهميه لصحة ونمو الأسماك وانخفاض تركيز الأكسجين في المياه عن الحدود الموصى بها يؤدي إلى إجهاد الأسماك وانخفاض مناعتها وانخفاض معدلات النمو وفى حالة الانخفاض الشديد تحت المستويات الحرجة فإن ذلك يؤدى إلى اختناق الأسماك ونفوقها .
تختلف احتياجات الأكسجين الذائب حسب نوع الأسماك ، نشاط الأسماك ، درجة الحرارة الكثافة العددية وغيرها ، ويمكن لأسماك المياه الدافئة أن تتحمل وتبقى لفترة طويلة عند مستويات أكسجين قليلة كـ 2_3 مليجرام/لتر بينما أسماك المياه الباردة تتحمل فقط حتى مستويات في مليجرام/لتر .
عامه فإن تركيز الأكسجين الذائب في مياه المزارع السمكية الموصى به لضمان الحفاظ على صحة جيده للأسماك ومعدلات نمو عالية هو ألا يقل عن 5 مليجرام/لتر .
الأمونيا :
تعتبر الأمونيا الغير متأنية من الغازات شديدة السمية للأسماك حيث أنها قادرة على النفاذ عبر أنسجة الخياشيم محدثه ضررا بالغا بها وكذلك بالوظائف الحيوية الأخرى للأسماك . 
الحد الأقصى لتركيز الأمونيا الغير متأنية ( NH3 ) المسموح به في مياه المزارع السمكية هو ألا يزيد عن 0.02 مليجرام/لتر .
النيتريت :
يعتبر النيتريت ناتج وسطي في تحلل المخلفات النيتروجينيه في الما ء بواسطة بكتيريا النيتروموتس والنيتروباكز.
عادة يحدث تراكم وزيادة لتركيز النيتريت بالأحواض السمكية في حالة زيادة تحلل المواد العضوية مع نقص الأكسجين في المياه بما يؤدى إلى التسمم بالنيتريت أو مرض BROWN BLOOD DISEARSE وبالنسبة لمياه المز راع السمكية فإن تركيز النيتريت يجب ألا يزيد عن 0.1 مليجرام/لتر
كبريتيد الهيدروجين :
غاز كبريتيد الهيدروجين من الغازات التي تذوب في المياه وله رائحة البيض الفاسد ويتم إنتاج هذا الغاز في الرواسب الموجودة في قاع الأحواض السمكية في بيئة لا هوائية ويعتبر كبريتيد الهيدروجين من المركبات شديدة السمية للأسماك لذلك فإنه يوصى بألا يزيد تركيز كبريتيد الهيدروجين في مياه المزارع السمكية عن 0.01 مليجرام/لتر .
الملوثات :
هناك العديد من الملوثات التي يؤثر تواجدها على مدى صلاحية وملائمة البيئة المائية لتربية الأسماك ومن هذه الملوثات المعادن الثقيلة مثل " الرصاص ، الزئبق ، النحاس ، الزنك ، الكادميوم ، الكروم وغيرهـــا "
"المبيدات الحشرية سواء المركبات الفسفورية أو الكلوروهيدركربونيه ، التلوث بالزيت ، سواء بالزيت الخام أو المكرر وغيرها " .
وعامة يجب أن تكون البيئة المائية للاستزراع السمكي خاليه من هذه الملوثات أو على الأقل أن يكون تركيزها ضمن الحدود المسموح بها واستخدام خزانات المياه المناسبة بالإضافة إلى مضخات الهواء والماء ووجود نظام التبريد الصحراوي والتخلص من الملوثات .
