تجفيف الأحواض:
ويتم ذلك بتجفيف الحوض من الماء تجفيف كاملا للتخلص من النباتات وغيرها من الكائنات الدقيقة الضارة الموجودة في الحوض فضلاً عن المركبات والمواد التي من الممكن أن تكون قد ترسبت في قاع الحوض نتيجة التحلل العضوي، حيث يتم تأكسد هذه المواد بمجرد تعرضها للهواء الجوي، ثم تجرى عملية صيانة للحوض في حال وجود أي خلل فيه.
ملء الحوض بالماء.
يراعى أثناء هذه العملية وضع حواجز شبكية عند منبع قنوات الري والصرف لمنع دخول النباتات والأعشاب إلى داخل الحوض، وكذلك منع الأسماك من الخروج منها.
متابعة جودة مياه المزرعة:
يتم الحفاظ على جودة مياه المزرعة وذلك عن طريق متابعة خصائص المياه السابق شرحها.