هناك العديد من تلك الأمراض سواء كانت متوطنة أو وفدت إلينا مع جلب الأسماك من الخارج إلى مزارعنا السمكية، وأهم هذه الأمراض.
1- الأمراض الطفيلية :
أ- الإصابة بطفيل الكوستيا (Costiosis) وتم عزل الطفيل من الأسماك المصرية خاصة اسماك البلطى وتصل نسبة النفوق إلى 90% بين اليرقات والاصبعيات المصابة.
ب- الإصابة بطفيل الاكيتوفترياس "Icthiophthirosis " وتسبب بقع بيضاء وتتركز الإصابة فى الجلد والخياشيم فى اسماك المياه العذبة واسماك الزينة وتؤدى إلى نفوق عدد كبير من الأسماك المصابة .
ج- الإصابة بالطفيليات التى تتطفل داخل الدورة الدموية للأسماك (التريبانوسوما والكربتوبيا) مسببة فقر دم شديد خاصة فى اسماك المياه العذبة.
د- الديدان الداخلية وأهمها الديدان الورقية، الشريطية، الاسطوانية وشوكية الرأس وهذه الطفيليات تؤدى فى بعض الأحيان إلى نقص كبير فى معدلات نمو الأسماك وعدم زيادة وزنها مما ينتج عنه زيادة فى استهلاك العلائق.
2- الأمراض الميكروبيولوجية :
 تشمل على مجموعات مختلفة من الأمراض أهمها :
أ- مجموعة الأمراض الفطرية :
1- مرض الصبرولجينيا (Saprolegniosis)، والذى تم عزله من المزارع السمكية، وتم انتشاره إلى اسماك نهر النيل مما يعد خطراً كبيراً على الثروة السمكية.
2- مرض تعفن الخياشيم تسبب نفوقا بالاختناق يصل إلى 80% من الأسماك فى فترة لا تتعدى عدة أيام وذلك بسبب انسداد الأوعية الدموية للخياشيم .
3- مرض الكانديدوميكوزس " Candidomycosis" تصيب الأسماك وخاصة لتلك التى تتعرض للتلوث بالمخلفات العضوية فى مياه الترع وبعض المزارع السمكية مما يؤدى إلى فقد العديد منها.
ب- مجموعة الأمراض التى تسببها سوء تخزين العلائق : مثل مرض الاسبريجيلاس، وتؤدى الإصابة بالمرض إلى ظهور وتكون أورام فى الأعضاء الداخلية خاصة الكبد.
ج- مجموعة الأمراض البكتيرية :
1- مرض التسمم الدموى بالايرموناس المتحرك (Motile Aeromonas Septicaemia MAS)، ويؤدى إلى نفوق أعداد كبيرة من الأسماك المصابة.
2- الأمراض التى تسببها الإصابة بالميكروبات العنقودية والسبحية والواوية وغيرها.
د- مجموعة الأمراض التى تسببها عوامل غير الكائنات الدقيقة (الغير المعدية) :
1- الأمراض الناتجة عن التلوث البيئى للمياه الداخلية والخارجية والمبيدات الحشرية ومنتجات البترول.
2- أمراض النقص الغذائى والمؤثرات الميكانيكية أثناء تداول الأسماك وأطوارها المختلفة داخل المزارع السمكية 

الأسماك والصحة العامة للإنسان :

           لقد تم اكتشاف العديد من الأمراض المشتركة بين الإنسان  والثدييات آكلات الأسماك من جهة والأسماك من جهة أخرى.
1- الأمراض الميكروبيولوجية:
1- تلعب الأسماك دوراً كبيراً فى نقل الأمراض للإنسان، وذلك نظراً للدور الذى تلعبه كعائل ناقل فى الوقت التى لا تتأثر الأسماك بهذه الميكروبات نظراً لمقاومتها الشديدة لها ولا تحدث أى أمراض فيها مثل الكوليرا, السالمونيلا المسببة للتيفويد والشيجيلا والفيروسات المختلفة وأهمها شلل الأطفال.
2- أن هناك مجموعة من الأمراض البكتيرية التى تصيب الأسماك ويمكن أن تنتقل إلى الإنسان والحيوان مثل الايروموناس والسيدوموناس، والتى تسبب حالات النزلات المعوية والتهاب عضلة القلب فى الإنسان والإجهاض فى الأبقار.
3- الأمراض الفطرية التى تصيب الأسماك وتنتقل للإنسان وتحدث العديد من الأمراض مثل فطر الكانديدا التى تسبب التهابات حادة فى بعض أجزاء الجسم، وكذلك فطر الاسبيروجيلاس الذى يفرز سموم فطرية مؤدية إلى حالات التسمم وظهور بعض الأورام فى الإنسان والحيوان.
 2- الأمراض الطفيلية:
تقوم بعض الأسماك بدور العائل الوسيط لبعض الديدان
1- الديدان الورقية (الهيتروفيس هيتروفيس)، وتسبب بعض الاضطرابات المعوية فى الإنسان وبطء النمو فى الأطفال.
2- الديدان الشريطية مثل دايفيلوبوسريم لاتم وتسبب الإصابة بالهزال والضعف العام فى الأفراد المصابة.
3- الديدان الاسطوانية مثل ديدان  الاينساكس Anisakis وهى تعتبر من اخطر الديدان بالنسبة للإنسان فهى تستطيع الوصول إلى أى عضو خلال جولتها فى الجسم مثل العيون محدثة أضرارا بالبصر، وقد تصل إلى المخ أو الكبد.
3- أمراض التسمم الغذائى:
تحدث هذه الأمراض للإنسان نتيجة لتعرضه للعديد من السموم مثل :
1- سموم بعض الميكروبات (البكتريا العنقودية والسالمونيلا) وسموم بعض الفطريات مثل فطر الاسبيرجلاس والتى تتواجد بالأسماك المصابة.
2- سموم بعض المبيدات الحشرية التى تتراكم فى أنسجة الأسماك.
وتلعب الأسماك أيضاً دور هام فى التأثير على الصحة العامة نتيجة تراكم بعض المعادن الثقيلة فى أنسجتها مثل الرصاص, الزرنيخ, الزئبق والناتجة عن تلوث المياه بالصرف الصناعى الناتج من المشروعات الصناعية.
هل تستطيع الأسماك أن تحل محل اللحوم كمورد للبروتينات؟
الأسماك تعتبر مصدر ومورد هام للبروتينات بل قد تتميز عن اللحوم بما تحتويه من كميات ضخمة من الفوسفور، وبما تحتويه من فيتامينات، ولكن إذا أردنا الاقتصار على الأسماك كمورد للبروتين الحيوانى فلابد من إكمالها بالكبد واللبن بالإضافة إلى الخبز والفاكهة والخضراوات.

أهمية تناول الأسماك للإنسان :

1- مصدر هام ورخيص للمواد البروتينية والفسفور.
2- تقوى الذاكرة فى الأشخاص المصابين بضعف فى ذاكرتهم وذلك لما تحتويه الأسماك من فسفور والذى يعتبر مقويا للمخ

الحساسية الناتجة من تناول الأسماك :

         هناك أشخاص تظهر عليهم أعراض الحساسية بعد تناول الأسماك  ولكنها فى الواقع ليست سوى ظاهرة من ظواهر الحساسية إذ يدخل بروتين السمك فى معركة مع البروتين الموجود لدى الشخص وقد حلت هذه المشكلة طبيا عن طريق إقامة التوازن اللازم بين قدرة المريض على المقاومة وبين تأثير البروتين فيه.

يجب أن تعلم :

1- إن الأسماك التى تكثر فيها الدهون تعالج الصمم !! بعد دراسة أجريت على سكان الإسكيمو وجد أن الأسماك التى تكثر فيها الدهون تحتوى على مواد كيميائية تساعد على خفض الشحوم والكوليسترول الضار فى الدم كما تساعد على قلة احتمال انسداد الشرايين القلبية، ولقد أثبتت الدراسة أن توفر فيتامين (د) بكثرة فى السمك تؤثر بالإيجاب على قوقعة الأذن التى تعتبر أهم أعضاء السمع.
2- إن زيوت الأسماك تعالج أمراض القلب!! أثبتت التجارب التى أجراها فريق بحثى من علماء أمريكا أن زيوت الأسماك تشكل أكبر قوة لمعالجة أمراض القلب والوقاية منها اكثر من أى غذاء آخر، وذلك باكتشاف العلماء أن زيت السمك يحتوى على بعض العوامل التى تقاوم الجلطات الدموية التى تسد مجرى الأوعية الدموية، كما لاحظ العلماء أيضا أن زيوت الحيوانات البحرية تخفض نسبة الكوليسترول بنسبة 33%، وهى نسبة من شأنها تقليل الكثير من أخطار الأمراض القلبية كما تساعد على خفض ضغط الدم وزيادة سيوله الدم، ولهذا فهى تحمى الإنسان من تجنب الأزمات القلبية المفاجئة.
3- يجب أن تعلم انه يمكن تقسيم الأسماك حسب حالة الطهى إلى:
أ- أنواع صالحة للسلق مثل الشال, القرموط, اللبيس, وقشر البياض.
ب- أنواع صالحة للتسبيك (طواجن) مثل المياس والبورى.
ج- أنواع صالحة للقلى مثل البلطى والبورى والمرجان.
د- أنواع صالحة للشى مثل البورى والدنيس.
وإذا كان نهر النيل هو المصدر الأساسي لإمداد المياه لكافة الأغراض ويمتد تأثيره إلى كافة المسطحات المائية عن طريق نظم الرى والصرف وحتى المصبات النهائية سواء فى البحر أو البحيرات (هناك 67 مصباً فى نهر النيل بداية من خزان أسوان حتى القناطر الخيرية منها 22 مصبا صناعيا والباقى مصبات زراعية) ومروراً بمعظم أن لم يكن كل المزارع السمكية، والتى تعتمد فى إمدادها بالمياه على مياه نهر النيل أو المصارف الزراعية وهذه المصبات تصرف إلى مجرى النهر حوالى 3 مليار متر مكعب سنويا من مياه الصرف المحملة بالعديد من المخلفات والبقايا، والتى تضم مواد عضوية وزيوت وشحوم ومعادن ثقيلة وبقايا مبيدات ومخصبات ومنظفات إلى جانب مخلفات آدمية وحيوانية تصرف فى النهر ودون معالجة وهذه الحقيقة وحدها كافية لان نرفع أكف الضراعة إلى الله ونجأر بالشكوى والتنبيه لكافة المسئولين ولا ندخر وسعا فى سبيل توعية كافة المواطنين لدرء هذا الخطر العظيم.
ومما سبق يتضح أن الاهتمام بالثروة السمكية هى من أبرز الحلول لتحقيق الأمن الغذائى إذا ما أحسن رعايتها والنهوض بها مع تطبيق العناية الصحية اللازمة لحماية الأسماك من الأخطار الناجمة من إصابتها بالأمراض وحماية المستهلك من الأمراض التى تنقلها الأسماك وذلك من خلال الأساليب العلمية المناسبة، وإذا كان الإنتاج السمكى يعطى عائدا يقدر بنحو 6 مليارات جنيه فإن وضع حلول عاجلة لمشاكل البحيرات المصرية (قارون, إدكو, المنزلة, التمساح, البردويل ,...) يمكن أن يضاعف هذا العائد لتصبحالثروة السمكية أحد اوائل مصادر الدخل القومى المصرية